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木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一种低特异性蛋白水解酶，广泛地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内，其中在未成熟的乳汁中含量最丰富。木瓜蛋白酶是一种蛋白水解酶，分子量为23406，由一种单肽链组成，含有212个氨基酸残基。至少有三个氨基酸残基存在于酶的活性中心部位，他们分别是Cys25、His159和Asp158，当Cys25被氧化剂氧化或与金属离子结合时，酶的活力被抑制，而还原剂半胱氨酸（或亚硫酸盐）或EDTA能恢复酶的活力 。另外六个半胱氨酸残基形成了三对二硫键,且都不在活性部位。
纯木瓜蛋白酶制品可含有：
（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，约占可溶性蛋白质的10%；
（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，约占可溶性蛋白质的45%；
（3）溶菌酶，分子量25000，约占可溶性蛋白质的20%；及纤维素酶等不同的酶。